Es el único templo del siglo XVIII en Guadalajara que conserva sus hermosos retablos churriguerescos, elaborados en madera tallada. Fue construida entre 1749 y 1752 como parte del gran conjunto integrado por el convento de San Francisco y cinco capillas anexas. La portada principal es de estilo barroco y en ella observamos su arco de medio punto moldurado, flanqueado por las pilastras dóricas; arriba una cornisa móvil y un nicho con peana y venera que guarda la escultura de la Virgen de Aranzazú con remates y adornos sobre la cual esta la ventana del coro. En el interior la planta es una nave techada con bóveda de pañuelo, apoyada en arcos de medio punto descansan sobre pilastras de capitel dórico unidas por cornisa corrida; en los muros laterales del presbiterio se observa una pintura que representa el árbol doctrinario de San Francisco de Asís rodeado de religiosos y monarcas que fueron convencidos por la filosofía de tan ilustre personaje, realizada a fin del siglo XVI.